Buenos días, entiendo que el problema debe estar en las fotos originales, que al hacerlas la luminosidad de la parte derecha de una no es exactamente igual a la izquierda de la siguiente. Se me ocurre que podrías probar a solapar una franja mayor y, como prueba también, a poner la cámara en automático.
El programa que utilizo para panorámicas es Hugin, y algunas veces me ha dado el problema que a ti te sale, pero cambiando los parámetros de apilado se soluciona.
Un saludo